医学形态学实验教学中心由人体解剖学、组织胚胎学、病理学、微生物学和人体寄生虫学实验室合并组建而成。形态学实验教学内容涉及我校医学院、临床医学院、法医学院、医学技术与工程学院、继续教育学院、化工与制药学院、体育教学部等相关专业的医学基础课程。每年承担的实验教学任务3200余学时，参加实验的人数3000余人/年。医学形态学实验教学中心现有实验技术人员10人，其中副教授1人、高级实验师3人，目前本实验教学中心拥有医学标本陈列馆2个，数码互动实验室4个，虚拟实验1个，数字解剖实验室6个，标准实验室4个，技术准备室5个，面积总计达4600余平方米，仪器设备总值达1120余万元。
医学标本陈列馆，馆藏标本齐全，其制作技术精湛，标本显示方法各异，充分展现科学、美观、清晰、准确、重点突出的展示理念。尤其是近年来随着中央财政和学校的大力投入，医学形态学实验教学实验中心的教学和科研环境得到进一步改善，特别是国内先进的显微数码互动实验室与数字解剖实验室的建立，不但改变了传统医学形态学的教学模式，而且极大地提高了实验教学效果。
1999年，原南通医学院基础部在各课程教研室、实验室整合资源的基础上组建成立医学形态学实验室、医学机能学实验室、人体解剖学实验室、生命化学实验室和药学实验室，2006年11月五个实验室共同组成的南通大学医学院基础医学实验教学中心。2009年中心被江苏省教育厅批准为省级实验教学示范中心建设点，2011年中心以优秀的成绩通过江苏省教育厅省级实验教学示范中心验收。现已建成设施较为先进、功能较为齐全、环境整洁和管理科学、满足现代基础医学教学需要的基础医学实验教学示范中心，并形成了一套较为系统和完善的基础医学实验教学体系。
中心5个分实验室直接落实实验室与设备管理处、教务处和医学院下达的实验教学任务，分别承担人体解剖学、局部解剖学、眼耳鼻喉解剖学、组织学与胚胎学、病理解剖学、医用微生物学、人体寄生虫学、免疫学、法医学、生理学、病理生理学、生物化学、等16门课程的本科生和研究生实验教学任务，每年教学工作量共计达42万人学时。
中心现有实验用房面积5640平方米，其中人体解剖教学实验室8个、显微数码互动实验室6个、形态多媒体教学实验室5个、新一代生物信号采集实验教学系统实验室4个、生命化学教学实验室4个、显微镜室3个、标本陈列室2个、实验准备室13个。中心获得省、部共建教学实验室建设经费共2000万元，目前实验教学中心有各种实验仪器设备3147台套，仪器设备总值达2643万元。